Antoni Szczepanik jest specjalistą z dziedziny chirurgii. Od czasu studiów związany jest z Krakowską Akademią Medyczną, a następnie z Collegium Medicum Uniwersytetu Jagiellońskiego. Szkolenie specjalizacyjne odbywał w I Klinice Chirurgii Ogólnej i Gastroenterologicznej oraz w Klinice Chirurgii Onkologicznej Centrum Onkologii oddział w Krakowie. Do 2022 r. pracował w Szpitalu Uniwersyteckim w Krakowie w Klinice Chirurgii Ogólnej, Onkologicznej, Gastroenterologicznej i Transplantologii. Od października 2022 kieruje Kliniką Chirurgii Ogólnej Onkologicznej i Geriatrycznej CMUJ (na bazie Szpitala Miejskiego Specjalistycznego im G. Narutowicza w Krakowie) oraz Oddziałem Onkologii Klinicznej tego szpitala.
Główne zainteresowania to nowotwory przewodu pokarmowego, a szczególnie rak żołądka i rak jelita grubego, nowotwory skóry, diagnostyka ultrasonograficzna i diagnostyka schorzeń przewodu pokarmowego. Profesor Szczepanik jest w tym zakresie autorem licznych publikacji międzynarodowych i krajowych, a także podręczników dla lekarzy i studentów. Odbył szereg szkoleń w dziedzinie chirurgii onkologicznej i chirurgii robotowej w wiodących ośrodkach europejskich i azjatyckich. W latach 2016-2017 był Prezydentem European Society of Surgery. W latach 2015-2020 był konsultantem wojewódzkim dla Podkarpacia w dziedzinie chirurgii onkologicznej.